폐업해도 2006~2009년 환급 부가세 반환 의무 없다

김희삼 2025. 08. 12. 22:45

│ 2006~2009년 환급 부가세, 2025년 폐업해도 반환 의무 없어
│ 건물 철거로 잔존재화 요건 미충족…간주공급 과세 대상 아님
│ 공통매입세액 안분 정산 규정, 이번 사례에는 적용 안 돼
│ 폐업신고서 제출만으로 사업자등록 정리 가능
│ 환급 내역·철거 사실 증빙자료 보관 시 분쟁 예방 효과

2006년부터 2009년 사이 건물 분양계약을 체결하고 부가가치세를 환급받았던 계약자들이 2025년 사업자등록증 폐업 신고를 하더라도, 당시 환급받은 부가세를 반환할 의무가 없다는 판단이다.

세무 법리등을 검토한 결과, 「부가가치세법」은 사업자가 폐업할 경우 매입세액 공제를 받은 재화를 여전히 보유하고 있다면 이를 ‘자기 공급’으로 간주해 부가가치세를 과세한다. 하지만 이는 건물, 기계장치, 원재료 등 실물 재화가 남아 있는 경우에 한정된다.

이번 신림백화점(씨앤백화점)사안을 살펴 보면은 계약자들이 납부한 분양대금은 건물 완공을 전제로 한 것이었지만, 해당 건물은 2021년에 철거됐다. 이로 인해 폐업 시점에 재화가 존재하지 않아 ‘잔존재화’ 과세 요건이 충족되지 않는다. 따라서 당시 적법하게 환급받은 부가세를 반환할 필요가 없다는 것이다.

또한, 과세사업과 면세사업을 겸영하다 비율이 변동될 경우 일부 세액을 반환하는 ‘공통매입세액 안분 정산’ 규정 역시 이번 사례에는 적용되지 않는다. 사업 자체가 철거로 종료된 만큼, 환급세액 반환 사유가 발생하지 않기 때문이다.

부가세법을 검토한 결과 “폐업신고 시점에 잔존재화가 없으면 환급받은 부가세를 추가 납부할 의무가 없고” “다만, 과거 환급 내역과 철거 사실을 입증할 수 있는 서류를 보관하는 것이 분쟁 예방에 도움이 된다”

결국, 해당 계약자들은 세무서에 폐업신고서를 제출함으로써 사업자등록을 정리할 수 있으며, 과거 환급세액에 대한 반환 부담 없이 사업자 지위를 종료할 수 있다.

요약 정리[신림백화점(씨앤백화점)]

사안 개요
2006~2009년 사이 건물 분양계약을 체결한 계약자들이 분양대금을 납부하고 부가가치세를 환급받음.
그러나 건물은 완공되지 않고 2021년에 철거됨. 계약자들은 분양대금을 반환받지 못한 상태(건물 준공후 소유권이전도 하지 못함)에서 2025년 폐업 신고 예정.
법적·세무적 판단
- 「부가가치세법」상 폐업 시 환급세액 반환 의무는 잔존재화(재고, 자산 등)가 남아있는 경우에만 발생.
- 본 사안은 건물이 이미 철거되어 재화가 존재하지 않으므로 ‘간주공급’ 과세 대상이 아님.
- 과세·면세사업 비율 변동에 따른 ‘공통매입세액 안분 정산’ 규정도 적용되지 않음.
결론
2025년 사업자등록증 폐업 신고 시 2006~2009년에 환급받은 부가세를 반환할 의무 없음.
단, 과거 환급 내역과 철거 사실을 입증할 수 있는 자료를 보관하는 것이 안전.

두번째 검토사례

1. 부가세 확정신고 시 유의사항

폐업 시에는 폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 폐업확정 신고를 해야 합니다. 즉, 2025년 8월에 폐업한다면 9월 25일까지 부가세 확정신고를 제출해야 합니다.

이때 중요한 점은 과거 환급받았던 부가가치세의 사후관리(환수 가능성)입니다. 부가세법상 환급은 실제로 사업용 자산(건물 등)을 취득하여 과세사업에 사용해야 정당화됩니다. 그런데 이번 경우는 건물이 완공되지 않았고, 소유권 이전도 없었으며, 결국 철거되었습니다.

따라서 세무당국 입장에서는 “실제로 과세재산(건물)을 취득하여 임대사업에 사용한 사실이 없다”는 점을 들어, 2008년에 환급받은 부가세에 대해 일정 부분 반환(납부) 의무를 문제 삼을 수 있습니다.

2. 부가세 납부 가능성

매출세액: 임대 매출이 전혀 없었으므로 발생하지 않습니다.
매입세액 공제·환급분 조정: 과거 환급받은 세액이 환수 대상이 될 수 있습니다.
- 건물을 실제 취득하지 못했으므로, 매입세액 공제 사유가 소멸했다고 보아 환급받은 세액을 납부하도록 경정될 수 있습니다.
- 다만, 이미 환급받은 시점(2008년)으로부터 10년 이상이 경과했으므로, 부가세 환수 가능성은 시효(국세 부과제척기간)에 걸릴 수 있습니다. 일반적으로 국세 부과제척기간은 10년(사기·부정한 행위가 없는 경우 5년)입니다.
- 따라서 환수 여부는 당시 환급 경위와 세무서의 판단에 따라 달라질 수 있습니다.

3. 실무적 신고 방향

폐업확정신고서 작성 시
- “매출 없음”으로 신고.
- 과거 환급받은 내역을 기재하지는 않으나, 세무서가 사실관계를 인지할 경우 질의·검증이 들어올 수 있음.
환급세액 환수 가능성 검토
- 이미 2008년에 환급받은 내역이라면 부과제척기간(최장 10년)이 지난 상태라 환수는 어렵다는 주장이 가능합니다.
- 다만, 세무당국에서 “환급 자체가 잘못되었고 사기·부정에 해당한다”고 판단하면 별도 다툼이 생길 수 있음.
안전한 대응
- 폐업신고 및 확정신고를 하되, 과거 환급분 문제를 지적받을 경우 “이미 과세기간 10년이 경과한 사안이므로 환수는 불가하다”는 논리를 준비해야 합니다.
- 필요하다면 세무전문가(세무사)를 통해 의견서를 첨부하는 것도 방법입니다.

4. 결론

2025년 8월 폐업 시에는 9월 25일까지 부가세 폐업확정신고를 해야 하며, 매출이 없으므로 별도 매출세액 납부는 없습니다.
다만, 2008년 환급받은 부가세가 “실제 취득·사용하지 않은 건물에 대한 환급”이라는 점이 문제 될 수 있습니다.
그러나 이미 16년이 경과하여 부과제척기간(10년)을 넘겼기 때문에 원칙적으로 환수 대상은 아닐 가능성이 높습니다.
최종적으로 납부할 세액은 0원일 가능성이 크나, 세무서에서 경정 여부를 검토할 수 있으므로 사전 대비가 필요합니다.

세번째 검토 사례

부가가치세 환급금 납부 의무(일반적 적용)

환급받은 부가가치세를 다시 납부해야 할 가능성이 매우 높다는 것입니다. 그 이유는 다음과 같습니다.

당초 매입세액 공제 요건 불충족: 부가가치세 환급은 사업자가 사업에 사용하기 위해 재화나 용역을 매입했을 때, 그 매입세액을 공제(환급)해 주는 것입니다. 임대사업을 위해 상가를 분양받았으므로 건물분에 대한 부가세를 환급받았습니다.
사업용 재화의 성격 상실: 그러나 건물이 완공되지 않아 실제로 임대사업을 하지 못했고, 심지어 건물이 철거되면서 사업용 재화로서의 존재 자체가 사라졌습니다. 이는 당초 부가가치세 환급의 전제가 되는 ‘사업용 재화’로서의 목적이 달성되지 못한 것이며, 결과적으로는 매입세액 공제 요건이 사라진 것으로 간주됩니다.

주의: 상기 사항은 신림백화점 계약자 사례에 한함